در راستاى نیل به هدف رفع تبعیض آموزشى، بنیاد دکتر نراقی به ساخت چهار مدرسه در مناطق محروم دو استان خراسان رضوى و البرز اقدام کرده است. به منظور ایجاد محیطی مناسب براى تحصیل دانشآموزان، این بنیاد اقدام به ساخت مجموعهاى متشکل از سه مقطع ابتدایى، متوسطه و هنرستان واقع در مشهد و یک هنرستان فنى و حرفهاى پسرانه واقع در کرج کرده است.
همچنین یک واحد پودمان علمى و کاربردى در سراى سالمندان کهریزك تاسیس شده که این مرکز با بهرهگیرى از استادان آموزش دیده، حمایت تحصیلى و فرصتهایى براى پیشرفت تحصیلى و شغلى بیش از دو هزار نفر از افراد جامعه را فراهم آورده است.
تأسیس مدرسه ابتدایى دخترانه ربابه طاهباز در مناطق حاشیه ای مشهد و سراى فرهنگى آموزشى دکتر مصطفی نراقى واقع در خانه سالمندان کهریزك که هر دو در سال ۱۳۷۷ بنا نهاده شده اند از قدیمی ترین فعالیتهای بنیاد هستند.
تاسیس هنرستان پسرانه دکتر مصطفی نراقى در یکى از مناطق محروم کرج با بیش از ۶۰۰ مترمربع کارگاه آموزشى شامل دو سالن و مشتمل بر چهار رشته مکانیک، الکترونیک، الکتروتکنیک و کامپیوتر در سال ۱۳۸۱، تجهیز فضا جهت تغییر کاربرى ابتدایى ربابه طاهباز به هنرستان دخترانه در چهار رشته خیاطى، سراجى و گرافیک (با ۳۰ باب کلاس آموزشى و ۱۰ کارگاه فنى و حدود هزار دانشآموز تاکنون)
تاسیس مقطع ابتدایی دخترانه فروردین طاهباز و مقطع متوسطه اول دخترانه باقر طاهباز واقع در مشهد در ۱۳۹۷ و در ادامه تجهیز جهت تغییر کاربرى سراى سالمندان کهریزك به مرکز پودمانى علمى کاربردى در دو مقطع کاردانى و کارشناسى از اقدامات عمده بنیاد در زمینه مدرسهسازی و تامین زیرساختهای آموزشی بوده اند که با همیاری مجموعه صنایع دارویی غذایی اکتوور انجام شده اند.
بنیاد خیریه مرحوم دکتر نراقی علاوه بر این در زمینه اعطای کمک هزینه تحصیلى به دانشآموزان مستعد، کمک هزینه تحصیلات دانشگاهى براى دانشجویان با استعداد مراکز دولتى، پرداخت هزینههاى ثبت نام، لباس فرم، بیمه و همچنین هزینه کمک به مدرسه کلیه دانشآموزان تحت پوشش، پرداخت هزینههای خرید نوشت افزار برای دانشآموزان اقدام کرده است.